Зародила се през ХI в. като център на грузинската духовна култура на Балканите, през ХIV в. обителта край днешния Асеновград става любима на българския цар Иван Александър. Османското нашествие забавя нейното развитие, но в края на ХVI в. започва нов подем. През 1604 г. върху останките на старата църква от епохата на основателя Григорий Бакуриани е издигната нова величествена катедрала. Тя следва плана на триконхалните съборни храмове, създавани в манастирите от Свещената планина Атон.
За щастие днес е запазен иконостасът от ХVII в., който е един от най-ранните, съхранени по нашите земи. Дървените части са монтирани върху изящна каменна олтарна преграда, а отгоре се развива триделен архитрав. Камък, икони и орнаменти от дърво са съчетани в неповторима композиция, увенчана с висок кръст. Изпълнената с изключително майсторство дърворезба включва първата в българското изкуство лозница с пластично оформени декоративни мотиви.
Оригиналните изображения от ХVII в. в иконостаса са запазени в празничния ред, а на царския те са подменени с образи от ХVIII в. Стенописите пък се появяват през 1643 г., както се разбира от ктиторския надпис. Сега те са се запазили само в притвора, където са и портретите на главните дарители - цариградския търговец Георги и сина му Константин. Като сюжети и стил те отговарят на тенденциите от епохата. Става дума за теми от Стария завет, сцени от църковния календар, великолепното "Успение на св. Ефрем Сирин" и др. В централната част старите фрески са покрити със стенописи от ХIХ в., изпълнени от известния за времето си художник Моско Одринчанина.
Автентичното изкуство от ХVII в. обаче е изцяло запазено в трапезарията, построена също през 1643 г. Това е правоъгълна зала с полуцилиндричен свод и ниша в западната стена, където е било мястото на игумена. Оцеляла е оригиналната мраморна маса с дата от 1701 г., на която са се хранели монасите столетия наред. Според изчезнал днес надпис, трапезарията е съградена още в 1623 г., но получава живописната си украса 20 години по-късно благодарение на същия ктитор Георги, заплатил изписването и на главната църква.
А тези фрески са уникални в българското късносредновековно изкуство. С основание те се съпоставят с такива примери от атонската живопис като стенописите на трапезарията на Великата лавра "Св. Атанасий" от 1535 г. Пред очите на седналите на масата иноци е минавала цяла история на християнството - от образите на монасите аскети до темата за Страшния съд.
Те са виждали мащабните сцени от седемте Вселенски събора, на които е отстоявана чистотата на вярата, заклеймявани са различни еретици, утвърждавано е иконопочитането. По стените са илюстрирани поетичните песнопения в чест на Божията майка, а на свода се вият клонките на Дърво Йесеево с родословието на най-тачените светци. И изведнъж отдолу се появяват образите на антични философи и писатели като Сократ, Аристотел и Диоген, разглеждани като предвестници на християнството.
Следващият връх в развитието на Бачковския манастир е по време на българското Възраждане през 30-40-те години на ХIХ в. През 1834 г. и при управлението на игумена Ананий, който е българин от Сливен, ансамбълът е разширен с Южния двор. В самия му център е издигната красивата църква "Св. Никола". Големи ктитори след 1780 г. са българите от известния пловдивски род Чалъкови и особено братята Стоян и Вълко през втората четвърт на ХIХ в.
Най-големият разцвет идва при следващия игумен, старозагорчанина Матей. През 1839-1841 г. той кани великия Захарий Зограф да изрисува открития притвор на "Св. Никола" и свода на прохода между главната катедрала и най-старата църква "Св. Архангели". В илюстрациите на евангелските притчи и особено в любимата си тема за Страшния съд самоковлията пресъздава с голяма точност атмосферата в един български възрожденски град. Зографът в детайли ни показва българската архитектура и облекло от епохата. Картините са пропити с леко чувство за хумор, а в нарочно търсената театралност на пози и жестове явно личи морализаторския момент, присъщ на възрожденските писатели. Верен на високото си самочувствие, Захарий вмества автопортрета си сред образите на пловдивските първенци.
Невероятната атмосфера на Бачковския манастир е завършена от друг голям художник - Алекси Атанасов. Той рисува на фасадата на трапезарията мащабната сцена на тържествената процесия по изнасянето на чудотворната Богородична икона от обителта. На картината виждаме разгърната панорама на манастира и множество параклиси в околността, които съществуват и се почитат и до днес.
Но Бачковската обител не е само комплекс от сгради. За едно хилядолетие в нея е натрупана огромна библиотека. Сред най-ценните книги са византийският стихирар от ХIII в., съхраняван днес в Църковния музей в София. В Тбилиси пък се пази разкошен грузински хомилиар от ХIV в., изпълнен според надписа в Петрицон (т. е. в Бачковския манастир). През 30-те години на ХХ в. случайно са открити 103 ръкописа и 252 старопечатни книги, представляващи истинско съкровище.
Във втората половина на ХIХ в. обителта става огнище на българщината, откъдето култура и изкуство тръгва към по-малките духовни средища в околността като Горноводенския, Араповския, Кукленския и други манастири. Така в 1894 г. тя окончателно минава на подчинение към Българската екзархия. Както се знае, днес Бачковският манастир заедно с Рилския и Троянския е една от трите ставропигии, подчинени директно на Българската патриаршия.
Чудото на св. Архангел Михаил
Заедно с изписването на катедралата, в 1846 г. зографът Моско от Одрин илюстрира в църквата "Св. Архангели" легенда за чудо, сътворено от предводителя на Небесното войнство. Тя е заета от тематиката на атонския манастир Дохиар.
Център на златарството
В обителта и в Църковния музей в София се пазят множество произведения на приложното изкуство - утвар, обкови за книги и икони, изящни чаши. Сходството в техниката кара специалистите да смятат, че през ХVII-ХIХ в. тук е работела и самостоятелна занаятчийска школа.